Для дизайна сайта нужно чтобы вместо кнопок были флажки, это как изменить?

Jon, всмысле флажки? как вы это представляете? выбор языка чекбоксам и дальше нажатие на кнопку чтоли?

Нет. Сейчас же просто кнопки : RUS, UKR
И вызываются они функцией. А вот как вставить нужные картинки вместо слов?

Jon, отредактируйте файл index.php в теме оформления. Думаю код будет понятен.