Некоторые из них я уже упоминал в темах где-то на этом форуме, но пусть все будет в одном списке для удобства.

1. Проблема с тэгами в модуле Новости
Это, пожалуй, самый серьёзный баг из всех написанных. Он бывает 2х видов:
а) когда тэги начинают дублироваться:
Проблема возникает в том случае, если кто-то пишет новость через пользовательскую часть (news/do_add.html), прописывает там тэги о она отправляется на премодерацию. В админке открываешь эту новость (с тэгами все ок), одобряешь её (активируешь) и после этого все тэги дубоируются (было Вася, Петя, Настя, стало Вася, Вася, Петя, Петя, Настя, Настя) <_<
Я нашел такое решение для данного случая: при активации новости в админке я полностью удаляю все тэги - тогда на сайте они отображаются как надо (в единственном экземпляре)!
б) когда тэги начинают вываливаться
Причину этого я найти не смог, но было 3 раза, когда при публикации новости другими администраторами в область тэгов выводились ВСЕ тэги сайта!!!

При этом удалить их через админку не удавалось (я чистил поле, сохранял, а они не только не удалялись, но и дублировались!), приходилось лезть в Базу и удалять вручную =(
в) Остальные случаи
Вот тут описан еще один случай с утроением тэговhttp://forum.eleanor-cms.ru/index.php?act=findpost&pid=23533
2. Кнопки перемещения позиций элементов
Этот баг был замечен в модуле Меню сайта (сразу после установки системы, если удалить один из пунктов меню, то появляется) и Управление блоками.

Проявляется в том, что:
а) Исчезает кнопка перемещения вверх(или вниз), хотя элементы в одной группе находятся
б) Один из пунктов блокируется: например жмешь вверх, а он не перемещается. Помогает нажатие вниз элемента выше данного.
3. Корневые статические страницы
Возможность доступа к стат. страницам напрямую (без page) почему-то не работает на win1251 системе. В UTF 8 все ок. Проблему решил копированием файла из последней в первую.
4. Некорректна работа загрузчика файлов
Тут есть несколько ошибок:
а. Превьюшки
У меня включено автоматическое создание превьюшек. Они всегда нормально создаются, но не всегда их загрузчик нормально обрабатывает:

Т.е. когда появляется в списке файлов картинка с префиксом превью, то значит её при аттаче не подключат. Приходится в ручную дописывать preview=""
б. Если файлов много, не правильно работает пагинатор (деление на страницы)

Вот пример: 2 страница не до конца заполнена, а уже появилась 3 - пустая.
в. Не всегда удаляются временны папки
При создании новости, файлы грузятся во временную директорию temp_news/new, а после публикации перемещаются в постоянную. Так вот, было много случаев когда временная папка не удалялась и 2 раза когда создавась постоянная во временной!! Вот скрин с фтп:

5. Пагинатор категорий
Не знаю, может это не баг, а фича, но при просмотре категорий новостей они сортируются по другому, нежели главная страница модуля

Если подробнее: на главной новая новость всегда сверху будет, а вот в категориях при переходи на новую страницу она почему-то наполняется как бы снизу... Надеюсь, вы поняли)
Ух, вроде написал все, что вспомнил. Еще точно помню были проблемы с модулем Блоги (а именно с тэгами беда и ошибки с доступам к публикациям), но сейчас не могу сказать уже, ибо удалил модуль за ненадобностью.
Ну а в целом, я системой очень доволен и желаю её создателю здоровья и терпения!

P.S. Я активно использую на сайте только модули Новости, Опросы, Статические страницы. Поэтому об остальных пока ничего не напишу.
P.P.S. Еще огромное пожелание на будущее - сделать возможность выбора тэгов из списка существующих (как в ЖЖ)