Мне кажется все намного проще:
Chez просто установил систему в папку относительно корня localhost. Если так, нужно было прочитать содержимое папки "При возникновении ошибок". Там ясно сказано, что если система установлена в папку, то следует в RewriteBase написать полный путь папки. Т.е. откройте .htaccess найдите строку:
RewriteBase /
И допишите после слеша имя (имена) ваших папок. Например:
RewriteBase /folder